人間の口の中には100億個もの細菌が棲んでいます。この細菌が、新陳代謝ではがれ落ちた粘膜や食べ物のカスを分解し、「メチルメルカプタン」など化学物質を作り出します。これが口臭の原因です。

唾液が十分に分泌されていれば、食べカスや細菌は流されるので口臭は気になりません。朝起きぬけに感じる口臭も睡眠中の唾液の分泌低下が原因です。これは生理的口臭なので心配はありませんが、最近、唾液分泌が極端に低下する「ドライマウス」（口腔乾燥症）に悩む人が増えてきました。

口の中が乾き、ねばねば感が増し、虫歯や歯垢、舌が細菌の塊で白くなる舌苔（ぜったい）が発生します。これらはすべて強い口臭の元です。

症状が進むと舌表面のひび割れ、舌痛も起こり、生活に支障も出てしまいます。ドライマウスはいわば現代病で、噛まなくてもいい軟らかい食事、精神的ストレスによる神経バランスの崩れ、鼻炎などによる口呼吸などが原因で多くの人に出る症状ですが、薬物の副作用、糖尿病や自己免疫疾患などが隠れていることもあります。
女性の場合、更年期障害の症状として出ることも多くあります。
口腔内の疾患のほかに、胃腸機能の低下、貧血、糖尿病、肝臓や腎臓の疾患など内科的原因で起こる口臭もあります。体内で悪臭物質が発生し、それが血液に流れ込んで全身をめぐり、肺から口へと漏れてくるもので、口臭だけでなく体臭の原因にもなります。